정부가 수입농산물과 수입식품에 대한 통관ᆞ유통관리를 철저히 시행하고 있으며 농림ᆞ해수ᆞ복지ᆞ외교부와 식약ᆞ관세청 등 관계부처 합동 개선대책을 진행하고 있는 것으로 나타났다. 특히 농림부는 국정감사 정책자료를 통해 수입농산물에 대한 부정수입과 허위신고, 변칙수입 등에 대한 단속을 강화하기 위해 이미 ‘수입 농수산물 통관ᆞ유통관계 개선 TF’를 구성하고 이를 가동중에 있다고 밝혔다. 수입 농산물과 식품에 대한 문제는 일부 수입업자들이 저가 수입신고와 중량초과 선적, 원산지 둔갑 등 부정유통 사례가 지적되면서 논란이 되기 시작했다. 정부는 이러한 문제해결을 위해 수입단계에서의 부정을 막아내는 부분과 수입후 국내 유통과정을 면밀히 추적하고 있다. 농림부의 국감자료에 따르면 저가신고 방지를 위해 사전세액 심사를 강화해 대상 품목을 기존 13개 품목에서 알땅콩과 냉동고추 등을 추가해 22개로 확대했다. 이와 함께 생강과 찐쌀, 냉동고추 등을 수입하는 업체에 대해 세무조사 수준의 집중심사를 실시하고 있다. 특히 이번 국감에서 한나라당 이상배 의원은 “식물검역소 현장검역인력과 휴대농산물 검사인력이 195명과 48명에 불과하다”며 단속의 미비점을 부각하고 있으나 농림부 자료에 의하면 이미 지난 13일 91개팀 504명으로 구성된 특별단속본부가 내년 1월 28일까지 활동중에 있는 것으로 드러났다. 더불어 농림부는 2004년부터 시행하고 있는 명예감시원을 계속적으로 확대해 2006년 이후에는 2만명에서 10만명으로 늘린다는 계획도 가지고 있다. 농림부는 “중국산 찐쌀에서 표백제가 검출된 적이 있고, 마늘과 생강, 고추, 한약제 등이 국내 주산지를 거쳐 국내산으로 둔갑돼 유통되는 경우도 있었다”며 “해외시장 동향을 파악하고 중국 등에 현지 가격 조사자를 활용, 저가 수입으로 인한 저질 수입품 유출을 막는데 주력하고 있다”고 밝혔다. 또한 정부는 다원화된 수입식품 관리체계에 의한 사고 발생을 줄이고 신속히 대응하기 위해 보건복지부 차관을 의장으로 한 ‘수입식품안전관리개선협의회’를 설치한 바 있다. 이와 더불어 2006년 상반기 중 관계부처 중심의 ‘수입식품 대응메뉴얼 개발’을 완성한다는 계획도 진행하고 있다.