노무현 대통령은 제이유사건 수사 검사들이 청와대 사정비서관을 겨냥해 피의자들의 진술을 강요했다는 의혹과 관련해 "검사들이 정권과 청와대를 겨냥하는 건 좋지만 합법적으로 해야한다"고 지적했다. 노 대통령은 어제 국무회의에서"수사를 하다보면 영웅심리가 있을 수 있고 정권에 치명적일 수 있는 수사를 해도 좋지만, 불법 수사는 안된다"고 잘라 말했다. 노 대통령은 이어 "청와대도 이럴진대 정말 힘없는 사람들은 어찌되겠느냐" 면서, 검찰은 약한 사람, 국민들 처지를 생각하라"고 지시했다. 한편 문재인 청와대 비서실장은 제이유 수사검사들이 지방으로 좌천된 데 대해 "지방에선 왜 잘못된 사람을 지방으로 보내냐고 항의하는 경우가 많다며 지방전출제도가 맞는 제도인지 묻고싶다"고 말했다.