헌법재판관들은 전원 일치로 감사원의 선거관리위원회에 대한 직무 감찰은 위헌, 위법하다고 판단했다.
대통령 소속 하에 편제된 감사원이 선관위를 직무 감찰하게 되면 선관위의 공정성, 중립성에 대한 국민 신뢰가 훼손될 위험이 있다고 봤다.
또, 대통령 등의 영향력을 차단하기 위해 선관위를 독립적 헌법기관으로 규정한 헌법 개정권자의 의사에도 반한다고 밝혔다.
대통령은 특정 정당의 당원으로 활동하고, 감사원장과 감사위원은 대통령이 임명하는만큼, 감사원이 특정 정당의 이익을 대변할 가능성을 배제하기 힘들다는 것이다.
설사 감사원법을 개정해 감사 대상에 선관위를 넣는다고 해도, 이는 헌법에 위배되는 위헌법률이라고 지적했다.
헌재는 다만 이번 결정이 부패행위를 눈감아 주려는 것은 결코 아니라며, 선관위가 독립성과 전문성을 갖춘 자체 감찰 기구를 실효성 있게 운영하라고 당부했다.
또, 선관위가 헌법기관이라 해서 국회의 국정조사나 수사기관의 수사까지 회피할 수 없다는 점을 분명히 했다.
감사원은 헌재 판단에 대해 "납득하기 어렵지만 결정을 존중한다"고 밝혔다.
앞서 선관위는 감사원이 실시한 직무감찰이 선관위의 권한을 침해했다며 헌재에 권한쟁의심판을 청구했다.