감사원은 최근 지난 정부의 주요 정책과제였던 공공기관 지방 이전의 경제적 효과에 대한 내부 검토 보고서에서 국가 균형발전위가 지난 2005년 공공기관 이전의 경제 효과가 부가가치 4조원 증가라고 발표했으나, 이에 오류가 있다고 지적했다. 감사원은 균형위의 발표가 공공기관 직원과 관련 산업의 가족이 모두 지방으로 동반 이전한다는 점을 가정하고 있으나, 실제 이주율이 그렇게 되기는 어렵고, 서비스 산업 이전 효과도 중복 계산했다고 지적했다. 이전 효과 산출에 근거가 없고 경제 효과도 과장됐다는 것. 이와 관련해 감사원은 지난해 11월 한국토지공사가 이전기관 종사자 가족을 대상으로 설문조사한 결과 가족동반 이주율이 16에서 42%로 나타나 혁신도시가 빈 도시로 전락할 우려가 있다고 지적한 바 있다. 또한 감사원 조사 결과 지난 2004년 균형발전위의 의뢰로 민간에서 분석한 공공기관 이전 효과는 지방의 부가가치가 연간 1조 3천억원 정도 증가한 것으로 나타났지만 당시 균형발전위는 이 보고서를 채택하지 않은 것으로 나타났다. 감사원은 이에 따라 혁신도시 사업에 대한 감사 착수 여부를 현재 검토중이라고 밝혔다.