PD 수첩 보도에 대해 검찰이 이미 수사에 들어간 가운데 정치권에서도 뜨거운 공방이 벌어졌다. 이명박 대통령이 주재한 쇠고기 관련 긴급 관계장관 수석회의에서 참석자들은 MBC PD 수첩이 광우병 위험과 관련해 의도적 편파왜곡으로 국민을 혼란시켰다면 심각한 문제라는데 인식을 같이했다.한나라당도 mbc PD 수첩이 왜곡보도 이후 책임을 번역 오류로 몰아가고 있는 것에 대해 국민들은 분노를 느낀다며 MBC 측의 대국민사과와 해명 프로그램 편성 등을 요구했다. 하지만 통합민주당은 PD 수첩의 지적은 정당한 것이라며 마녀사냥식 정치보복을 중단하라고 말했다. 자유선진당은 광우병 위험을 알리는 방송의 본질을 사소한 흠결로 왜곡시켜선 안된다고 주장했고, 민노당과 창조한국당은 검찰을 동원한 표적수사의 즉각 중단을 촉구했다. 농림수산식품부의 의뢰에 따라 수사에 착수한 서울 중앙지검은 '특별전담수사팀의 수사의뢰서 검토가 끝나는대로 PD수첩 제작진 등을 소환해 조사한다는 방침이다.