노무현 대통령은 13일 "올해 지방선거에서 부정방지를 위한 대책이 공명선거를 위한 마지막 특단의 대책이 되도록 철저하고도 근본적인 대책을 세울 것"을 지시했다. 노 대통령은 이날 오전 청와대에서 ‘열린 지방선거 부정방지 관계장관회의’를 주재하고“이같은 대책이 제도개선으로 이어지도록 해 부정선거 척결이 다시는 사회적 과제로 되지 않도록 해야 한다"고 말했다. 노 대통령은 특히 "차기 대선과 총선에서는 별도의 대책을 논의하지 않아도 되는 수준이 되도록 철저히 대비해야 하며, 후보자들이 혹시라도 마음으로부터 부정선거에 대한 유혹이 생기지 않도록 부정선거행위에 대해 철저한 단속과 수사가 진행되어야 한다"고 강조했다. 노 대통령은 “공정한 경쟁을 위한 규범과 게임의 룰이 존중되는 사회가 실현되도록 부정과 반칙이 승리하는 것을 절대 용납해서는 안된다”며 부정선거수사에는 특권과 성역이 있을 수 없음을 재차 밝혔다. 노 대통령은 또 당내 경선과정에서의 부정행위와 관련 "유령당원, 당비대납 등의 부정행위는 민주정치의 뿌리를 흔드는 용납할 수 없는 행위이므로 철저한 단속과 수사를 진행해 부정행위자에 대해 엄벌에 처해야 할 것"이라며 "정당내부 경선과정의 불법행위를 그대로 두고 정치개혁을 말할 수 없다"고 역설했다. 노 대통령은 "공직선거출마자를 선출하는 당내선거가 모든 선거의 출발점이므로 당내선거의 문제는 더 이상 당 내부만의 문제가 아니다"며 "아직도 정당에서 당비대납 등 부정선거가 남아 있다면 이는 민주정치의 뿌리를 흔드는 용납할 수 없는 행위"라고 규정하고 관계기관에서는 머뭇거리지 말고 부정선거행위에 대해 단호하게 수사 할 것을 지시했다. 노 대통령은 “각 정당은 공명선거 실현을 위해 당내 부정선거행위에 대한 단호한 근절 대책을 마련해 스스로 환골탈태하는 계기를 마련하고 선관위와 수사기관에 적극 협조해야 할 것”이라고 말했다. 노 대통령은 이어 "앞으로 진행될 당비대납 행위 등 부정선거에 대한 관계당국의 수사는 당내경선결과가 동요되는 일이 없도록 당내경선이 시작되기 전에 완료되도록 하되, 늦어도 경선이 끝나기 전에는 마무리되는 것이 좋겠다"고 밝혔다. 한편 노 대통령은 오래 전부터 당내 경선시 당비 대납 문제에 대한 대책 마련을 지시해 온 것으로 알려졌다. 전해철 민정비서관은 12일 청와대 홈페이지에 개시한 칼럼에서 지난해 4월 법무부 연두업무 보고에서 노 대통령이 “당 내부 선거는 함부로 손대기가 거북한 것이기는 하나 적어도 내 임기 동안에는 여야 가릴 것없이 당 내무선거 관련 부정도 용납하지 않도록 해주길 바란다”며 이 문제를 공식석상에서 처음 언급한 이후 대통령과 비서실은 이를 정치 의제화하기 위해 차분히 대비해 왔다고 밝혔다. 그후 작년 11월 24일 제6차 반부패기관협의회에서 노 대통령은 “검찰, 경찰 등 조사권을 가지고 있는 모든 국가기관이 협력해 당내 부정선거를 철저히 색출하고 처벌할 수 있도록 대책을 세우라”고 지시했다. 전 비서관은 “대통령의 이러한 지시를 계기로 12월 15일에는 당내 부정선거 근절을 위한 관계기관 1차 회의가 개최됐고 민정수석실은 12월 26일에는 부정선거 수사현황을 골자로 한 보고서를 대통령에게 올렸다"고 말했다. 이어 노 대통령은 12월 30일 '이지원' 문서를 통해 ‘전면 수사’의지를 밝혔으며 1월 4일 특별정당의 유불리를 따지지 말고 철저한 단속을 집행 할 것을 지시했다