정진곤 청와대 교육과학문화수석 내정자에 대한 자기표절 의혹이 추가로 제기됐다.정진곤 내정자가 지난 97년 한국열린교육학회의 학회지에 실은 논문과 2년 뒤인 99년에 한국비교교육학회의 학회지에 실은 논문을 비교해 보면, 시작하는 말에서 약 반쪽 분량이 동일하고, 본문에서는 한쪽 분량이 같은 것으로 나타났다.또 99년 비교교육학회지의 논문은 이듬해인 2000년에 정 내정자가 열린교육학회지에 발표한 또 다른 논문과 시작하는 말에서 약 반쪽 분량이 미세한 차이를 제외하면 같고, 본문에서는 3분의 2쪽 분량이 역시 미세한 차이 외에는 같은 것으로 나타났다.그러나 99년 논문과 2000년 논문의 참고문헌 목록에는 동일한 부분이 들어 있는 이전 논문이 각각 표시돼 있지 않다.이에 대해 정진곤 내정자는 현재 옛 과학기술부 훈령상 표절은 타인의 아이디어 등을 도용하는 경우로 규정하고 있어 문제가 된 논문은 표절이 아니며 일부 표현이 중복됐을 뿐이라고 밝혔다.또 같은 주제를 연구하는 과정에서 표현이 중복되는 일은 불가피한 측면이 있다고 해명했다.