이 사건 법률 제2조 특별검사의 수사대상에 대해서 헌법재판소는 특정한 법률이 특정한 개인이나 사건만을 규율대상으로 하는 법률, 즉 이른 바 처분적 법률에 해당한다고 해서, 그것만으로 곧바로 헌법에 위반되는 것은 아니고, 발생하는 차별이 합리적인 이유로 정당하되는 경우에는 헌법상 허용된다는 입장을 오래 전부터 판례를 통해 확립해 놓고 있음.특별검사제도의 인정 여부, 특정 사건에 대해 특별검사에 의한 수사를 실시할 것인지 여부, 수사대상을 어느 범위로 할 것인지 등은 국민의 대표자인 국회가 제반 사정을 고려하여 결정할 문제로서 본질적으로 국회의 광범위한 재량이 인정되므로 국회의 결정이 합리성을 결여한 채 명백히 자의적이거나 현저히 부당한 것으로 인정되지 않는 한 그 결정은 존중되어야 함. 국회가 이 사건 법률 제정 당시의 여러 사정을 고려하여 이 사건 법률 제2조가 규정한 사안들에 대해 특별검사에 의한 수사를 실시하도록 결정한 것이 명백히 자의적이라거나 현저히 부당하다고 단정하기 어려우므로, 이 사건 법률에 의한 차별취급은 합리적 이유가 있어 정당화되고, 따라서 헌법에 위반하여 청구인들의 기본권을 침해하지 않음. 이에 대해 재판관 조대현은 이 사건 법률 제2조가 청구인들을 직접 수사대상으로 삼지 않아 기본권이 침해될 지위에 있지 않으므로 청구인들의 기본권을 직접적ㆍ구체적으로 침해한다고 볼 수 없어 청구인들의 심판 청구는 부적법하다는 의견이고,재판관 김희옥, 재판관 이동흡은 처분적 법률인 이 사건 특검법은 개별사건법률로서의 성격뿐만 아니라 개별인에 대한 법률로서의 성격도 가지므로 더욱 엄격한 심사척도에 의하여 차별적 규율의 합리적 정당성 여부를 심사하여야 함. 이 사건 특검법은 검찰 수사 결과가 정치적 이해관계와 배치된다는 이유로 객관적 자료에 의해 뒷받침되지 않은 반대 이해당사자의 주장에 터잡아 제정된 것으로, 합리적 이유로 정당화할 근거를 찾기 어렵고 입법권을 남용하여 청구인들의 `불법적인 심문을 받지 아니할 권리'를 침해하고, 수사대상 규정이 불명확하고 포괄적이어서 명확성원칙에 위반됨. 특별검사제도는 집권세력 또는 검찰 내부 인사가 중립적인 인사로 하여금 수사하도록 하는 것인데, 야당 대통령후보자를 대상으로 한 이 사건 특검법은 특별검사제도를 두는 취지에서 벗어나 있으며, 일부 형사처벌 규정이 없어 형사처벌 대상이 아닌 사건을 수사대상으로 포함시키고 있고, 특히 DMC 사건은 현재도 검찰 수사가 진행되고 있는 것으로서 특별검사가 이를 수사할 보충적이고 예외적인 사정이 있다고 볼 수 없으므로 합리적 정당성이 더욱 인정되기 어려움.이 사건 법률 제3조 특별검사의 임명과 관련해 법관의 신분과 재판의 독립이 보장되어 있으므로 대법원장이 구체적 사건의 재판에 어떠한 영향을 미칠 수 없고, 대법원장은 특별검사를 추천하는 것에 불과하고 임명은 대통령이 하므로, 소추기관과 심판기관이 분리되지 않았다거나 자기 자신의 사건을 스스로 심판하는 구조라고 볼 수 없으므로 적법절차 원칙을 위반하지 않음. 또한 본질적으로 권력통제의 기능을 가지는 특별검사제도의 취지와 기능에 비추어 볼 때 특별검사제도의 도입을 입법부가 결정하고, 임명권한을 헌법기관 간에 분산시키는 것이 권력분립원칙에 반하는 것으로 볼 수도 없음.이에 대해 재판관 조대현은 이 사건 법률 제3조는 특별검사의 임명절차를 규정하고 있을 뿐, 청구인들의 기본권을 직접 침해하는 내용을 규정하고 있지 않으므로 청구인들의 심판청구가 부적법하다는 의견이고, 재판관 김희옥과 재판관 이동흡은 대법원장이 특별검사를 사실상 임명하도록 한 것이나 다름없어, 실질적으로 "소추기관과 심판기관의 분리원칙"에 어긋나고, 정치적 중립성이 요구되는 대법원장으로 하여금 정치적 갈등에 휘말릴 소지를 만드는 것이어서 사법부의 기능을 저해하고 권력분립의 원칙에 반한다는 의견이다. 이 사건법률 제6조 제6항, 제7항, 제18조 제2항 동행명령 조항과 관련해 이 사건 동행명령제는 참고인의 신체의 자유를 사실상 업압하여 일정 장소로 인지하는 것과 실질적으로 같은 것으로 헌법 제12조 제3항이 정한 영장주의에 위반되거나 영장주의 원칙을 잠탈하는 것임. 참고인은 수사의 협조자에 불과하므로 참고인에 대한 출석을 강제하여 신체의 자유를 제한하는 것은 원칙적으로 허용되어서는 안 되고, 예외적으로 강제출석이 요구되는 경우에도 신체의 자유의 제한은 필요 최소한으로 그쳐야 함. 현행 형사소송법상 또는 입법론상 입법목적 당설을 위한 다른 수단이 있음에도 형사소송절차와 달리 동행명령제 규정을 둔 것은 피해최소송과 법익균형성을 결여함. 따라서 과잉금지원칙에도 위반하여 청구인들의 신체의 자유와 평등권을 침해함. 이에 대해 재판관 이공현, 재판관 김종대는 헌법상 영장주의는 신체에 대한 직접적이고 현실적인 강제력이 행사되는 경우에만 적용되고, 형벌에 의한 불이익을 통해 심리적ㆍ간접적으로 일정한 행위를 강요하는 것에는 영장주의가 적용되지 않음. 따라서 이 사건 동행명령조항은 영장주의 위반이 문제될 수는 없고, 과잉금지원칙에 위반하여 청구인들의 신체의 자유를 침해했다고 봐야 한다는 의견이고, 재판관 조대현은 제6조 제6항과 제7항은 단순히 동행명령과 그 집행 방법만을 규정한 것이어서 청구인들의 기본권을 직접 침해하는 조항이 아니므로 이 부분 심판청구는 부적법하고, 벌금형을 부과하도록 규정한 제18조 제2항만이 과잉금지원칙에 위반하여 행동의 자유를 침해한다는 의견이고, 재판관 송두현은 제한된 인력, 조직으로 극히 단기간의 한시적인 활동을 통해 국민적 의혹과 관심의 대상이 된 사건의 진상을 조속히 밝혀내야 하는 특별검사의 특수성, 참고인 조사는 필수적인 중요한 수사방법임에도 출석을 거부할 경우 확보방법이 없어 특별검사의 목적 달성이 불가능해짐. 현행 형사소송법상의 규정에 의한 참고인 조사에 한계가 있음. 반면 참고인이 받는 불이익은 `정당한 사유가 없는 경우에는 출석하여야 한다는 것'에 불과하다는 의견임.이 사건 제10조 재판기간 등과 관련해사 제10조 가능한 신속하게 재판을 종결함으로써 국민적 의혹을 조기에 해소하고 정치적 혼란을 수습하자는 것일 뿐, 피고인의 방어권행사나 적법절차를 보장하지 않은 채 재판이 종결되어야 한다는 취지는 아님. 따라서 공정한 재판을 받을 권리나 평등권을 침해하지 않음. 이에 대해 재판관 조대현은 기본권침해의 현재성과 구체성을 인정할 수 없다는 의견이고, 재판관 김희옥, 재판관 이동흡은 제2조와 제3조를 위헌으로 보므로 제10조를 따져 볼 것 없이 이 사건 법률 전부에 대하여 위헌결정을 선고하여야 한다는 의견임.