서울대가 정시 모집 일반 전형에서 고등학교 내신 1~2등급에 만점을 주는 2008학년도 입시안을 그대로 적용하겠다고 밝혔다.기존에 석차 백분율을 내신 반영 방식으로 활용할 때 만점 비율이 10%였기 때문에 등급제로 바뀌면 2등급까지를 만점화 해야 비율이 11%로 비슷해진다는 것이다.때문에 4등급까지를 만점처리해 만점 비율을 40%로 늘리려는 사립대와는 확연히 다르다는 것이다. 더군다나 이미 4월에 확정안이 나왔는데 이제와서 바꾸기는 어렵다는 입장이다.하지만 교육부는 매 등급마다 점수 차이를 두지 않으면 제재 대상이 된다는 기존 방침을 다시 한 번 분명히 했다.한편 예산을 깍겠다는 정부의 강력한 제재 방침에, 내신실질반영률을 어떻게든 축소해 보려던 사립대들은 조만간 사립대 입학처장 회의를 열어 입장을 모을 예정이다.내신 반영을 두고 정부와 사립대간 마찰 국면에 국립대까지 가세하면서 입시를 5개월 앞둔 수험생들만 더욱 혼란스러워졌다.