고구려연구재단 해산으로 중국의 역사왜곡 대응에 차질이 우려되고, 동북아역사재단도 조직 구성이 늦어져 설립이 지연되고 있다는 일부 언론보도에 대해 바른역사정립기획단이 다음과 같이 입장을 밝혔다. 새로 설립되는 동북아역사재단은 동북아 역사왜곡과 독도관련 사항의 장기적이고 종합적인 대응을 위한 상설전담기구로 지난 2005년 3월부터 바른역사기획단이 설립을 준비해 왔다. 바른역사기획단은 지난해 재단설립 법안을 국회에 제출했으나 국회 입법절차의 지연으로 해를 넘겨 금년 5월2일 법안이 국회를 통과, 5월19일 동북아역사재단의 설립이 공포됐다. 바른역사기획단은 법률효력이 발생하기 위해서는 법안공포 후 3개월이 지난 8월20일부터 재단설립을 진행해야 하나 전국민적 관심을 고려해 재단설립준비위원회를 가동하고 법안 발효시까지 이사장을 비롯한 이사진 구성도 마칠 수 있도록 만전을 기하고 있다. 동북아역사재단은 고구려재단과 달리 순수 역사연구 뿐 아니라 정부의 외교적 노력을 지원하기 위한 전략과 정책의 검토 기능까지 병행해 수행하게 되며, 기존 고구려연구재단의 연구인력과 연구성과를 승계해 동북아역사재단 역사연구2실에서 중단없이 연구를 수행하게 된다. 바른역사기획단은 역사논쟁은 연구가 중심이어야지 정책중심으로 가는 것은 옳지 않다는 일부 언론지적과 관련, 연구와 정책수립, 실행이 유기적으로 결합할 때 역사왜곡에 효과적이고 전략적으로 대응할 수 있다고 강조했다. 이는 재단법 제정과정에서 학계와 시민사회, 국회 등의 의견수렴을 거쳐 광범위한 공감대가 형성된 것이라고 설명했다. 바른역사기획단은 "그동안 고구려연구재단이 순수 연구에 치중한 나머지 중국의 변강사지연구중심 등 국가전략에 따라 움직이는 국책연구기관들의 고구려사 왜곡에 대처하는데 미흡했다는 지적이 있었다"며 "동북아역사재단은 연구의 자유는 최대한 보장하되 연구자체에 머물기 보다는 국가의 전략과 정책 수립에 도움을 주고 대안을 제시하는 21세기형 재단으로 탄생하게 될 것"이라고 밝혔다.