남북이 ‘2007 남북정상선언’ 이행을 위한 군사적 보장과 군사적 신뢰조치 논의를 위한 ‘군사공동위원회’ 구성에 합의함으로써 남북경협 등 한반도 평화번영시대를 열어가는 데 필수적인 중요한 추진력을 얻게 됐다. 남북은 제2차 국방장관회담 사흘째인 29일 오후 전체회의를 열어 해상불가침경계선과 군사적 신뢰구축 방안 등을 협의할 군사공동위원회 구성·운영에 합의하고 서해 공동어로구역 설정문제는 장성급 군사회담을 열어 빠른 시일 안에 협의·해결하기로 의견을 모았다. 남북은 이날 오후 6시 45분 평양 송전각 초대소에서 종결회의를 열고 이 같은 내용을 담은 7개조 21개항의 ‘남북관계발전과 평화번영을 위한 선언 이행을 위한 남북국방장관회담 합의서’를 채택, 발표했다. 남북은 합의문에서 “해상불가침경계선 문제와 군사적 신뢰구축 조치를 남북군사공동위원회를 구성, 운영해 협의 해결해 나간다”는데 합의하고 지금까지 관할해온 불가침 경계선과 구역을 철저히 준수하기로 했다. 이와 관련 남북은 군사공동위 제1차 회의를 조속히 개최키로 했으며 군사공동위 위원장은 차관급(북측 부부장급)이 맡고, 국방부와 합참, 외교통상부 국장급 등이 참여할 것으로 알려졌다. 남북은 이와 함께 서해상의 무력충돌 발지를 위해서는 공동어로구역과 평화수역을 설정하는 것이 절실하다는 데 인식을 같이하고 이를 남북 장성급 군사회담에서 빠른 시일 안에 협의·해결하기로 했다. 또 남북은 서해공동어로와 한강하구 공동이용 등 서해평화협력특별지대에 대한 군사적 보장대책을 세워나가기로 하고 별도의 남북 군사실무회담을 열어 최우선적으로 협의·해결하기로 했다. 이를 위해 한강 하구와 임진강 하구 수역에 공동 골재채취 구역을 설정하기로 했으며 백두산 관광이 실현되기 전까지 직항로 개설과 관련한 군사적 보장조치를 협의·해결하기로 합의했다. 특히 다음달 11일 시작되는 문산-봉동 간 철도화물 수송을 군사적으로 보장하기로 하고 다음달 초 판문점 통일각에서 실무회담을 열어 남북관리구역의 통행·통신·통관을 위한 군사보장합의서를 협의·채택키로 했다. 북측 민간선박의 해주항 직항을 허용하고 이를 위해 항로대를 설정하고 통항절차를 포함한 군사적 보장조치도 취하기로 의견을 모았다. 이어 남북은 제3차 국방장관회담을 내년 중 적절한 시기에 서울에서 개최하기로 하는 등 남북 최고군사당국자 간 회담 정례화 발판을 마련했다. 남북은 현재의 정전체제를 종식시키고 항구적인 평화체제를 구축해 나기기 위해 군사적으로 협력키로 하고 종전을 선언하기 위한 여건 조성을 위해 필요한 군사적 협력을 추진해 나가다는데도 합의했다. 이와 함께 전쟁시기의 유해발굴문제도 군사적 신뢰조성과 전쟁종식과 관련된 문제라는 데 인식을 같이하고 추진 대책을 마련하기로 했다. 남북은 합의문에서 군사적 적대관계를 종식시키고 긴장완화와 평화를 보장하기 위한 실제적인 조치를 취하기로 하고 지난 2004년 6월 4일 제2차 남북장성급군사회담 합의를 비롯해 이미 채택된 남북간 군사적 합의들을 철저히 준수해나가기로 했다. 또 남북은 지상과 해상, 공중에서 모든 군사적 적대행위를 하지 않기로 했으며 우발적인 충돌이 발생할 경우 즉시적인 중지대책을 취한 다음 대화와 협상을 통해 해결하기로 했다. 이를 위해 함정간 무성통신 및 경의·동해선 출입사무소(CIQ)에 설치된 전화선 등 통신연락체계를 현대화하기로 했다. 김장수 국방부 장관을 비롯한 우리 측 대표단 30명은 이날 오후 8시 아시아나 전세기를 타고 평양 순안공항을 출발, 김포공항으로 귀환했다.