1993년 사적으로 지정되었으며, 지정 면적은 5,590㎥이다. 1634년(인조 12)에 지방 유림의 공의로 김장생(金長生)의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다.

창건 이전 연산면에는 김장생의 아버지인 계휘(繼輝)가 설립한 경회당(慶會堂)이 있어 문풍(文風)이 크게 진작되었고, 김장생은 양성당(養性堂)을 세워 학문 연구와 후진 양성에 힘을 기울였다. 이에 1634년 양성당과 경회당을 중심으로 서원이 건립하게 되었고, 1660년(현종 1)에 ‘돈암(遯巖)’이라고 사액되어 사액서원(賜額書院)으로 승격하였다.

1658년(효종 9)에 김집(金集)과 1688년(숙종 14)에 송준길(宋浚吉), 1695년에 송시열(宋時烈)을 각각 추가 배향하였다.