경실련이 지난 6일 자체조사를 통해 “정부의 공시지가 현실화율이 91%에 달한다는 발표는 과장된 허위이며 공시지가의 시세반영율은 42%에 불과하다”고 비판한 것은 한정된 조사결과를 획일적으로 적용한 데 따른 것이며, 정부의 공시지가 현실화율의 의미를 잘못 해석한 것으로 나타났다. 건설교통부는 경실련 발표에 대해 “아파트, 주상복합, 상가의 가격에서 건축비를 제외한 인위적 추정가격으로 직접 조사ᆞ평가한 정부발표와 직접 비교하는 것은 타당하지 않다”고 밝혔다. 또한 건교부는 공시지가는 통상적으로 시장에서 성립될 가능성이 높은 가격을 의미하는 것으로, 2002년 공시지가의 현실화율 91%는 개발이익과 투기적 요인이 배제된 가격과의 격차율을 의미하는 것이라고 덧붙였다. 건설부는 경실련이 공시지가가 시세반영율의 42%에 불과하다는 잘못된 결과를 바탕으로 계산했기에 전국 땅값이 5195조원에 이른다는 주장과 참여정부 출범 이후 지가 상승이 1153조원에 이른다는 주장 역시 잘못된 것이라고 밝혔다. 경실련은 서울과 경기, 부산 등 일부 대도시 지역을 대상으로 아파트, 주상복합, 단독주택의 가격조사와 함께 전답ᆞ임야에 대한 매매 및 경매가격을 조사하는 방식을 택했으나 정부는 표준지에 대해 감정평가사의 조사와 개별지에 대한 시ᆞ군ᆞ구 공무원들에 의한 직접 조사했다. 건교부는 이러한 조사방식 차이에 대해 “경실련 자료에 의하면 도곡동 타워팰리스, 역삼동 스타타워의 토지가격이 평당 2억원으로 나타났으나 부동산중개업소 확인결과 7000~8000천만원 수준이다”라고 덧붙였다. 건교부는 “경실련은 전국의 공시지가 조사대상 토지 약 2790만 필지 가운데 132개 필지만을 추정한 결과를 확대해석한 것은 논리의 비약”이라고 지적한 뒤 “표본추출 대상이 서울, 부산 등 특정지역에 집중되는 경우 그 결과차기 왜곡될 가능성이 매우 높다”고 지적했다.