일본 정부의 독도주변 해양조사와 관련 우리 정부의 강경한 입장이 계속되고 있는 가운데 일본 언론들도 당초의 조용한 기조에서 벗어나 사설, 특집기사 등을 통해 관심있게 보도하기 시작했다. 주요 언론들은 야스쿠니 참배 등으로 한·일관계가 교착된 상황에서 독도 주변 해양조사로 더욱 외교관계가 악화할 수 있는 만큼 양국의 외교적 합의로 충돌을 막아야 할 것이라고 보도하고 있다. 아사히 신문은 20일 사설을 통해 ‘한국정부의 강경한 대응과 비난은 오해’라며 일본이 식민지 역사와 관련지어 조사를 하려는 것이 아니라 과학적인 목적의 조사인 점을 이해해야 한다고 주장했다. 그러나 한국 측의 강경자세가 다음달 지방선거를 앞둔 정권의 인기몰이라는 차원으로 해석하는 것은 일본 정부의 잘못이라고 지적하면서 해양조사를 왜 지금해야 하는지를 포함해 일본 측의 입장을 자세히 설명해야 할 것이라고 강조했다. 닛케이 신문도 외교적 합의를 조기에 정리해 해상에서의 충돌이 일어나지 않도록 양국이 지혜를 짜내야 한다고 촉구했다. 또 신문들은 한·일 정부 모두 정면 충돌을 피하고 싶겠지만 영토문제가 얽힌 만큼 타협점을 도출하는 것은 쉽지 않을 것이라고 전망했다. TV아사이 보도스테이션은 19일 이번 문제가 더욱 복잡해진 것은 배타적 경제수역이 겹쳐지기 때문이라며 반일감정이 쌓여있는 상황에서 냉정하게 대화로 풀어나가야 하는데 정상 간의 대화도 단절돼 있는 상황이 아쉽다고 보도했다. 마이니치 신문도 20일 특집기사에서 “일본정부 내에는 일본의 항의를 무시하는 형태로 올해까지 한국이 4년간 조사를 계속해 해저명의 한국명 기정사실화를 노리고 있는 것에 대한 불만이 팽배해 있다”면서 “조사선에 대한 대피 지시에는 한국의 방해로 조사할 수 없었다고 국제회의에서 주장할 수 있다는 계산도 작용하고 있다”고 분석했다. 요미우리 신문은 19일 밤 고이즈미 총리가 아베장관에게 ‘냉정한 대처’를 지시한 것과 사카이 항을 출항한 조사선이 즉각 조사해역을 향하지 않고 해상에 정박해 있는 것도 한국 측의 반응을 보기 위함이라고 보도했다. 이어 한국이 실력행위로 나올 경우 그 모습을 비디오로 촬영해 해저명칭소위원회에 제출해 한국 측의 불법행위를 호소하며 명칭 제안을 저지할 것도 검토해야 한다고 일본 정부에 훈수를 두기도 했다. 산케이 등 보수 성향이 강한 언론들은 한국이 경비대 배치 등 독도를 실효지배하고 있으면서도 해양조사에 나선 일본을 비난하고 있는 것은 잘못이며 오히려 한국 정부가 국민적인 지지를 얻기 위해 독도문제를 이용하고 있다는 주장했다. 한편 AP AFP 통신도 독두 주변 해역 조사 실시라는 일본의 결정에 대한 한국민들의 분노가 확대되면서 양국의 충돌 가능성이 높아지고 있으며 이미 얼어붙은 양국관계에 큰 타격을 주고 있다고 전했다.