순천만정원의 운영 체제는 위탁이 아닌 대행 체제로 운영 업무 중 청소, 주차, 매표, 검표, 경비 업무를 민간 운영사가 대행하고 있다. 

대행방식은 사후 원가 정산 방식으로 수요에 신속히 대처하고 그 경비를 사후에 정산하는 방식으로, 일정 금액에 운영을 책임지는 민간위탁 방식과 달리 인건비를 절감하거나 이익을 남기기 위해 운영 인력을 줄일 이유가 없는 것이다.

순천시는 순천만정원 운영을 위한 연간 인력배치 계획에 따라 시기별 적정 소요 인력을 투입하고 있으며, 혼잡 시에는 안내와 관람객 동선 유도를 위해 공무원과 자원봉사자를 즉시 배치할 수 있는 체제를 갖추고 있다.

다만, 관람객이 적은 시기에는 일시적으로 탄력적인 인력 배치를 통해 비용을 절감하는 것이 보다 경제적인 관광지 운영 방식이라는 것이 일반적인 견해이다.

또한, 안내와 청소 인력을 배치하지 않아 관람의 질을 떨어뜨린다는 지적에 대하여는 안내와 청소 등에 41명(매·검표 16, 청소 17, 경비 8)을 상시 배치하여 매시간 담당 구역을 점검하여 관람객으로부터 가장 깨끗하고 쾌적한 정원이라는 찬사를 받아왔으며, 매달 1회 고객응대 서비스 교육과 매일 근무 개시 전 수시 교육을 통하여 국가정원에 걸맞는 서비스를 제공하고 있다.

순천만정원의 운영요원들은 보다 쾌적한 관람을 위해 연일 노력하고 있다.

스카이큐브 운영난을 이유로 요금인상을 요구하는 ㈜에코트랜스와 순천시가 이면합의를 하였다가, 시민단체로부터 지적을 받자 순천시가 합의 자체를 부인하며 모든 책임을 ㈜에코트랜스로 떠넘겼다는 지적에 대하여는 어떠한 이면합의도 없음을 밝힌다.

순천시는 이번 협의 과정에서 갈대열차 운행 등 탑승객 서비스 개선을 위한 조치를 강력하게 요구하고 있다.

또한, 2014년 정원문화 상호교류 협약 체결에 따라 프랑스 쇼몽국제정원페스티벌에 조성중인 한국정원의 준공식에 참석하기 위한 관계 공무원들의 국외 출장을 외유성 해외 여행이라고 폄하하는 지적은 호혜성이라는 국제적인 외교 의전에 대한 이해 부족의 결과로 사료된다.

국가정원 지정을 앞두고 순천시 모든 공무원들과 순천만정원 운영을 대행하는 요원들 모두가 혼연일체가 되어 막바지 준비에 여념이 없는 지금, 정확하고 근거없는 의견으로 순천만정원의 품격이 떨어질까 우려되는 상황이다.

지금은 모든 시민이 국가정원에 걸맞는 의식으로 무장하고 보다 협력해 주실 것을 간곡하게 호소하는 바이다.

순천만정원은 특색있는 경관 조성과 다양한 체험 프로그램 확충, 그리고 맞춤형 마이스(MICE) 시설 보강 등 국가정원 지정 준비를 모두 마치고 정원문화의 확산과 정원산업 육성의 본거지로 대한민국의 정원을 이끌어 갈 대표주자로 새로운 도약을 준비하고 있다.