노무현 대통령이 최근 문화방송의 황우석 교수 보도 논란에 대해 “(MBC PD수첩의) 12개 광고주 가운데 11개 광고주가 광고계약을 취소한 것은 심했다는 생각이 든다”고 말하고 “서로 다른 생각이 용납되고 견제와 균형을 이룰 때 상식이 통하는 사회가 만들어진다”고 강조했다. 노 대통령은 27일 청와대 홈페이지에 ‘줄기세포 관련 언론보도에 대한 여론을 보며’란 제목의 기고를 올려 “비판을 용납하지 않는 획일주의가 압도할 때 인간은 언제나 부끄러운 역사를 남겼다”며 이같이 밝혔다. 노 대통령은 먼저 “취재의 계기나 방법에 관하여도 이런 저런 의심을 하는 이야기를 듣기도 했다. 그리고 연구과정의 윤리에 관하여 경각심을 환기시키는 방법이 꼭 이렇게 가혹해야 할 필요까지 있을까 하는 생각도 있다”고 보도에 대한 불만을 털어놨다. 노 대통령은 이어 “그러나 막상 MBC의 이 보도가 뭇매를 맞는 모습을 보니 또 다른 걱정으로 가슴이 답답해진다. 관용을 모르는 우리사회의 모습이 걱정스럽다.”고 밝혔다. 이와 함께 노 대통령은 “항의의 글, 전화쯤이야 있을 수도 있는 일일 것이다. 그 정도는 기자와 언론사의 양심과 용기로 버틸 일이다. 그러나 광고가 취소되는 지경에 이르면 이것은 이미 도를 넘은 것이다”고 지적했다. 노 대통령은 “저항을 용서하지 않는 사회적 공포가 형성된 것”이라며 “이 공포는 이후에도 많은 기자들로 하여금 취재와 보도에 주눅들게 하는 금기로 작용할지 모른다”며 우려를 표명했다. 한편 노 대통령은 최근 여론에 대해서는 “대체로 양해가 이루어지는 듯한 여론의 반응을 보면서 이 과정이 고통스럽고 힘들기는 하지만, 이를 계기로 우리 사회가 윤리기준을 정비하고 다시는 이런 혼란을 겪지 않게 된다면 그만한 대가를 치른 보람이 있을 것이라는 생각이 들었다.”고 밝혔다.