자기부상열차시범사업이 인천공항공사로 결정되자 광주시를 비롯한 대구ㆍ대전시 등이 건교부의 결정에 대하여 강력히 항의하고 나섰다. 광주시 등 3개 지자체는 사업공모 시점부터 인천공항공사는 사업공모 대상에서 제외되어야 한다고 주장한 바 있다. 인천공항공사는 건교부 산하기관인 공기업으로 사업추진시 전액 국비가 지원됨을 감안, 지자체와 동일 대상으로 보아서는 안되기 때문이다. 따라서, 인천공항공사는 자체 추진에 대한 타 지자체의 반발에 따라 인천시와 공동으로 추진하기로 하고 공항공단과 인천시가 공동 으로 1,000억원 이상 부담하여 사업을 제안하였다. 또한, 이번 시범사업은 재정사업으로 추진할 경우 국비 60％, 지방비 40％임을 감안할 때 시범사업을 통해 지방비 분담을 재정사업 수준으로까지 경쟁시킴으로써 시범사업의 취지를 살리지 못하고 지자체의 재정부담만 확대시키는 결과를 초래하였다. 이번 시범사업이 인천공항공사로 결정된 것을 보면, 처음부터 사업 추진이 편한 인천공항공사를 염두에 두고 지자체간 공모형식을 통해 정부가 지자체의 반발을 피해가는 수단으로 악용하였다고 볼 수밖에 없으며, 3개 지자체 모두 이번 시범사업의 선정결과를 수용하기가 어렵다는 입장이다. 광주시는 이러한 면이 우려되어 건설교통부에 수차례에 걸쳐 항의 표명을 한 바 있다. 따라서 이번 시범사업에서 탈락한 광주, 대구, 대전등 3개시가 건교부 시범사업이 문제가 있음을 지적하고 자기부상열차 유치 노선 선정에서 제외된 3개 도시에 자기부상열차를 공히 설치해 줄 것을 강력히 요구하는 등 공동의 대응책을 마련키로 하였다.