건설교통부는 행정중심복합도시건설특별법이 기존에 위헌판결을 받은 신행정수도법과 동일입법이라는 주장에 대해 "헌법재판소에서 위헌사유로 지적했던 핵심 내용을 모두 수정했기 때문에 엄연히 다른 법률"이므로 위헌의 소지가 없다“고 밝혔다. 건교부가 21일 공개한 국정감사 자료에 따르면 "두 법률이 모두 도시건설업의 절차 및 방식에 관한 내용이므로 많은 부분이 유사한 것은 사실이나 동일입법은 아니다"라며 이같이 밝혔다. 건교부는 또 수도를 옮기려면 헌법을 개정해야 한다는 주장과 관련, "이번 행정중심복합도시건설특별법은 헌재 결정에 따라 수도개념에 해당하는 대통령과 국회는 서울에 잔류하게 된다"며 "특히 외치·내치를 담당하는 통일·외교·법무·국방·행자·여성부 등 6개 부처도 그대로 서울에 있으므로 수도이전과는 관계없다"고 설명했다. 건교부는 수도이전시 국민투표를 거치지 않는 것은 헌법 제72조 '국민투표권 침해'에 해당된다는 주장에 대해서는 "중앙행정기관의 일부 이전은 국민투표를 거쳐야 하는 국가안위 관련사항이 아닐 뿐더러, 여야 합의로 통과된 법률에 대해 대통령이 국민투표를 실시하는 것은 3권 분립의 정신을 훼손하는 것"이라고 밝혔다. 현재 행정중심복합도시건설특별법에 대해 서울시와 과천시는 각각 위헌주장 의견서를 헌재에 제출한 상태이며, 이에 대해 건교부ㆍ법무부ㆍ법제처 등 관계기관 합동으로 정부측 의견서를, 경기도ㆍ충청권 3개 지자체 등은 합헌취지의 의견서를 제출해 놓은 상태. 건교부는 이와 함께 행정중심복합도시 건설 추진계획과 관련, 올해 말 토지매수에 착수하고 2007년말 부지조성 공사에 들어가는 등 차질없이 추진해 2012년부터 단계적 이전을 실시하겠다고 밝혔다. 토지보상비와 관련해서는 당초 정부는 신행정수도 건설사업과 관련해 보상총액을 4조6000억원으로 추정했으나, 행정중심복합도시로 변경됨에 따라 예정지역이 90만평 축소됐고 당시 지가기준으로 잡은 계룡시보다 연기·공주지역은 평당지가가 낮기 때문에 보상비는 다소 낮아질 것으로 추정되나 정확한 보상액 산출은 11월쯤 가능하다고 밝혔다.