법무부는 21일 행정중심복합도시 헌법소원 사건에 대해 "행정중심복합도시는 위헌 소지가 전혀 없다"는 내용의 의견서를 헌법재판소에 제출했다. 법무부는 의견서에서 "정부부처 일부인 12부 4처 2청을 연기·공주지역으로 이전하는 것은 정부조직의 기능적·정책적 분산배치에 해당해 '수도의 분할'이라고 볼 수 없다"고 밝혔다. 법무부는 신행정수도 헌법소원 당시 헌재가 '정책적 고려에 의한 정부조직의 분산배치는 가능하다'고 판시한 점을 거론, 과천에 정부부처들이 소재하고 있는 것이 합헌이듯이 정부부처의 기능적·정책적 분산배치는 가능하다고 봐야 한다고 설명했다. 또 청구인들은 정부부처의 이전이 관습헌법에 반한다고 하나 과천에 정부부처가 이전됨으로써 그러한 관습헌법은 변경됐거나 사멸됐다고 봐야 한다고 덧붙였다. 아울러 행정중심복합도시가 새로이 수도가 되는 것도 아니어서 '서울이 수도'라는 관습헌법에도 위배되지 않는다고 강조했다. 법무부는 의견서를 통해 행정중심복합도시 건설을 국가안위에 관한 중요정책에 해당한다고 볼 수 없기 때문에 국민투표 대상에 해당하지 않을 뿐 아니라, 국민투표 부의 여부는 대통령의 재량이므로 헌법 제72조의 국민투표권을 침해하지도 않았다는 입장을 밝혔다. 또 국무총리 및 행정의 중추기관이 대통령과 같은 지역에 소재해야 한다는 관습헌법도 근거가 없으므로 헌법개정이 필요하다고 볼 수 없어 헌법개정에 관한 국민투표권을 침해하지 않는다고 밝혔다. 아울러 입법과정에서 65회에 걸친 공청회, 토론회 등 충분한 청문절차를 거쳤으므로 청문권 침해는 인정되지 않는다고 덧붙였다. 행정중심복합도시 예정지를 연기·공주지역으로 결정한 것은 국가균형발전을 위한 최적의 입지라는 판단에 따른 것으로 합리성이 인정돼 평등권을 침해하지도 않았다는 게 법무부의 의견이다. 법무부는 결론적으로 이번 헌법소원 사건은 적법요건을 갖추지 못해 부적법 각하돼야 하고, 설사 적법하다 하더라도 기본권침해가 인정되지 않으므로 기각돼야 한다고 강조했다.