교육부 조사결과, 대한항공 조원태 사장의 인하대 부정편입학 의혹이 사실로 드러났고, 정석인하학원 조양호 이사장의 특수관계인 일감 몰아주기 의혹과 인하대병원 조에밀리리(조현민) 운영 커피숍운영 배임 의혹도 사실로 드러났다. 

이 밖에도 일우재단의 장학금을 인하대 교비로 유용한 사실이 드러났고, 정석인하학원은 여전히 인하대학교 의과대학 부속병원을 사립학교법을 어긴 채 운영하는 것으로 조사됐다. 

교육부는 1998년에도 조 사장의 부정편입학 의혹을 한차례 조사했다. 당시 교육부는 인하대 총장을 비롯해 편입학 업무를 맡은 직원 9명에 대한 문책을 통보했지만 대학 측은 총장에게 아무런 조치를 취하지 않았다.

이번 조사에선 조씨의 편입학 승인결정과 2003년 수여한 학사학위를 취소하라고 통보했다. 또 1998년 당시의 문책요구를 이행하지 않은 점에 대해 정석인하학원에 ‘기관경고’를 통보했다.

김상곤 부총리 겸 교육부장관은 "사안조사 결과 법령 위반이 확인된 사실에 대해서는 위법 사실이 조속히 시정될 수 있도록 관련 법령에 따라 엄중 조치할 예정"이라며, "앞으로도 학교 경영자의 전횡에 대해 엄중하고 단호하게 대처해 사립대학이 투명하고 합리적으로 운영되도록 하겠다"라고 밝혔다.