과학기술부는 23일 황우석 교수 논란에 대한 서울대학교 조사위원회 중간발표 이후 “정부는 서울대학교 조사위원회 중간조사결과를 전적으로 신뢰하며, 연구관리규정에 따라 황우석 교수에 대한 연구비 지원 중단 여부 등 필요한 후속조치를 검토하겠다”고 밝혔다. 과기부는 논란의 중심이었던 2005년 사이언스 제출 논문이 고의적 조작이었다는 조사위원회 발표에 대해 “확인된 사실에 대해 매우 안타깝고 유감스럽게 생각한다”고 말했다. 이어 과기부는 “그동안 국내외 과학계, 언론계에서 제기한 황우석 교수의 줄기 세포 연구와 관련한 사이언스 발표 논문의 진실성 의혹에 대해 정부는 과학적 조사를 통해 검증돼야 한다는 입장에서 서울대학교 조사위원회 결과를 지켜본 것”이라고 설명했다. 과기부는 이번 사태와 관련, 앞으로 연구윤리 확보, 연구진실성 검증, 연구실문화 개선, 엄정한 연구비 관리, 국제 과학기술계 신뢰회복 등 연구사업 전반에 대한 근본적 대책을 마련하고 추진하겠다는 입장이다. 더불어 과기부는 “정부는 그동안 줄기세포를 이용한 치료에 기대를 걸어왔던 희귀 난치병 환자들과 그 가족, 그리고 국민의 희망이 좌절되지 않도록 앞으로도 줄기세포 등 생명공학 연구를 지속적으로 지원하겠다”고 말했다. 과기부는 “다수의 정직한 과학기술인들에 대한 지원을 아끼지 않을 것이며, 이를 통해 우리나라 과학기술 경쟁력을 세계적 수준으로 확보하기 위한 노력을 계속하겠다”고 덧붙였다.