제주특별자치도는 2008년 10월 현재 지방교육세 세입분 565억원 및 ’05회계 정산분 47억원을 합한 총 612억원을 제주특별자치도 교육비특별회계로 교부 결정하였다. 이는 10월 현재 제주특별자치도세 총 세입액 3,751억원의 16.3%에 해당하는 금액으로, 전년 동기 560억원 대비 52억원, 9.3%가 증가되어 지방교육재정에 큰 도움을 주는 것으로 나타났다. 지방교육세는 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 2000년까지 국세의 적세로 부과하던 교육세를 2001년부터 지방교육세로 전환.신설된 세금으로, 등록세(자동차제외)의 20%, 레저세의 60%, 균등할주민세의 10%, 재산세의 20%, 비영업용승용자동차에 대한 자동차세의 30%담배소비세의 50%를 지방교육세로 징수하여 매월 징수액만큼 특별회계로 교부하고 있다. 지방교육세 전출금이 증가된 사유는 지방교육세에서 큰 비중을 차지하고 있는 레저세(14%) 및 담배소비세(9.6%)의 증가 에 힘입은 것으로, 올해 정산분을 제외한 교부 예정금액인 633억원을 초과하여 세입될 것으로 예상되며, 향후 교부예정 금액을 초과한 금액에 대하여는 2008회계 연도폐쇄기 이후 정산하여 2010년 교부 예산으로 편성하여 지출하게 된다. 한편 올해 지방교육세 세입에 따른 전출금의 규모는 제주특별자치도교육비특별회계 전체 예산액 6,456억원의 10.5%에 해당되며, 특히 지자체 이전수입 예산액 885억원과 대비하여는 76.9%를 차지하는 등 교육재정의 중요한 세입원이다.