해양수산연구원은 수출 1조원 조기 달성을 위해 10대 수출전략 품종을 선정 집중적인 연구개발을 추진하고, 한·일, 한·중 FTA대비 해양수산업의 경쟁력 강화를 위하여 어업인이 실질적인 소득과 연계될 수 있는 실용연구를 추진한다.

2013년 추진할 실용연구 주요 내용을 보면 제주연안환경 및 연안생태 회복을 위하여 사업비 242백만원을 투자 갯녹음어장 복원방법의 개선 연구, 제주 유용해조류 산업화 연구 착수(돌미역, 넓미역 등 8개 품종), 하천 개발 등 연안역의 환경 변화에 따른 해양생태계 복원연구, 제주연안 환경실태 조사, 마을어장 해양조사 등을 할 것이며

 제주광어 품질 향상을 위해 사업비 118백만원을 투자 광어우량 수정란 보급, 원가절감 사육시스템 개발, 수산용 백신 개발, 어류 건강진단시스템 구축 연구, 전염병검사, 방역 및 안전성검사, 양식장 예찰 지도를 통하여 세계일류상품인 제주광어 양식산업을 한단계 업그레이드 시킬 수 있는 연구를 집중 추진하고,

 품종 다양화로 양식산업 경쟁력 강화를 위해 사업비 2,091백만을 투자 참다랑어 육상양식 수조 시설 및 경제성 연구, 흑점줄전갱이 종묘생산 기술개발, 참조기 및 송어 육상양식 기술 개발을 통해 제주광어를 대체할 수 있는 새로운 육상양식 품종 개발을 추진한다.

 잠수어업인 소득향상을 위한 수산자원회복을 위해 사업비 281 백만원을 투자 조개류 대량 종묘생산 방류(대합 100만마리), 홍해삼(200만마리) 및 오분자기(30만마리) 자원조성을 추진하고, 효과적인 수산자원 관리를 위해 수산종묘방류사업 효과조사, 소라 총허용어획량 평가 조사를 할 것이며,

 어선어업 어구어법 개량 및 어선어업인 소득 향상을 위해 어선 어업 자동화 장비 개발(멸치챗배 및 소형어선 집어등, 방어?한치 오징어 줄낚시 자동화 개발), 참다랑어 등 새로운 어구어법개발 및 다금바리 등 자원회복 연구, 향토어종 종보존 및 자원회복 등을 연구할 것이며,

 한·중·일 FTA 대응 전략품종 개발을 위해 사업비 150백만원을 투자 수출전략품종(문어, 해수관상어, 전복진주 등) 중점연구 개발로 경쟁력 강화, 홍해삼 종묘생산 기술확립과 산업화 연구 (홍해삼 빌딩형 양성시스템 구축, 홍해삼 지하해수 양식단지 조성 기초연구 등), 전복양식 특성화(전복 조기 수정란 생산 민간보급, 전복진주 생산 실증실험 및 시술 전복 사육관리, 고밀도 전복양식 다단식 쉘터 사육 시스템 개발, 지하해수이용 전복생산단지조성 기초연구 등) 방안 연구, 해수 관상생물 양식기술개발 등을 할 것이며

고차 수산식품 연구개발을 통한 수산물 고부가가치 창출을 위해 사업비 102백만원을 투자 수산식품 개발을 위한 선진 수산식품 가공연구, 전복 가공기술개발 연구, 양식설비 자동화 기술개발, 해양 미세조류 산업화 연구 등을 할 것이다.

 앞으로 연구원에서는 5개 분야 28개 추진과제 세부실행계획을 전략적으로 수행, 제주특별자치도 해양수산의 미래를 만들어 가는데 초석이 되도록 연구에 매진 해 나갈 계획이라고 밝혔다.