정부는 행정중심복합도시 건설은 수도 이전이 아니고 정부 부처를 분산배치해 균형발전을 하려는 것이므로 관습헌법에 위배되지 않는다고 밝혔다. 건설교통부와 행정중심복합도시 건설추진위원회는 18일 행정도시 건설이 '수도는 서울'이라는 관습헌법에 위배되므로 국민투표를 거쳐야 한다는 최상철 수도이전반대국민연합 대표(서울대 교수) 등 청구인측 주장에 대해 반박의견서를 헌법재판소에 제출했다. 정부는 의견서를 통해 행정도시를 건설해도 수도로서 서울의 위상은 그대로 유지된다는 점을 강조했다. 대통령이 원활히 직무를 수행할 수 있도록 대통령비서실 · 대통령경호실 등이 서울에 있고, 감사원 · 국가정보원 등 국정을 총괄하는데 필요한 기관과 국정 자문을 위한 국가안전보장회의 · 국민경제자문회의 등이 서울에 계속 위치하기 때문이다. 아울러 외교ㆍ통일ㆍ국방ㆍ법무ㆍ행자부 등 전통적인 내치 및 외치 기능의 핵심을 담당하는 부처가 서울에 잔류하므로 서울이 수도란 점은 의심할 여지가 없다는 것이다. 따라서 정부는 과천청사로의 정부기관 이전이 수도 이전이 아니듯 행정도시 건설 역시 수도 이전이 될 수 없으며, 행정도시는 과천과 대전에 이은 ‘연기ㆍ공주 청사’에 불과한 것으로 봐야 한다고 밝혔다. 국무총리의 소재가 수도성의 여부인지와 관련해 국무총리는 행정부 수장도 아니고 국민에 의해 선출되는 기관도 아니라는 점에서 국회나 대통령과는 달리 수도를 결정하는 요소가 되지 못한다고 지적했다. 또 국무총리가 대통령을 가까운 곳에서 보좌하는 것이 헌법적 요청이거나 관습헌법이라는 주장 역시 정보통신 기술 발달로 물리적 거리의 중요성 약화, 관습헌법이 되기 위한 요소(반복ㆍ계속성, 항상성, 명료성)의 결여 등을 감안할 때 모두 이유없다는 의견을 밝혔다.