대통령이 기자회견에서 대운하 추진을 사실상 포기를 언급 직후 국토 해양부는 사업 준비단을 해체하고 연구 용역을 중단하는 등 즉각 후속조처에 착수했다. 국토부는 지난 4월 대운하 사업의 타당성을 분석하기 위해 5개 국책연구기관에 용역을 발주했다. 연구기간은 내년 6월까지로 이때쯤 대운하 공사가 시작될 것으로 관측됐었다. 국토부는 또 대운하 사업을 위해 별도로 운용중인 운하사업준비단도 해체하기로 했다. 더 이상 대운하 사업을 추진하지 않겠다는 뜻으로 풀이된다. 올 초부터 대운하 사업제안서를 준비중인 민간 건설사들은 난감해졌다. 정부가 사업제안서를 받지않기로 내부 방침을 정하면서 사업 중단이 기정사실화됐다. 이명박 대통령이 대운하 추진계획을 밝힌 것은 지난 2006년 10월. 우여곡절을 겪은 대운하 사업은 여론에 막혀 결국 20개월 만에 사실상 폐기됐다.