남원 친환경 농산물 인증면적은 2012년도말 현재 1,500여농가에 851㏊(곡류 370, 과실류 311, 채소류 134, 기타 36)로 친환경 생산기반을 전략적으로 육성해 나오고 있다.

친환경농업직불금 사업 신청 대상은 친환경농업 인증을 받은 농업인으로서 직불금을 받고자하는 농업인은 3. 1일부터 3. 31일까지 친환경농업직불금 신청서와 친환경농산물 인증서 사본을 농지 소재지 해당 읍·면·동에 제출하면 된다.

친환경농업직불금은 친환경농업 실천 농업인에게 초기 소득 감소분을 보전 및 친환경농업 확산을 도모하여 농업의 환경보전기능 등 공익적 기능을 제고하기 위해 100％ 국고 보조로 지원하고 있다.
농가당 지급한도는 0.1～5.0㏊로 한정되며 ㏊당 지원단가는 논의 경우 유기농 600천원 무농약 400 저농약 217이며, 밭의 경우 유기농 1,200천원 무농약 1,000 저농약 524이다.

또한 사업대상자로 선정된 농업인이 사망, 농지의 매도·임대차 등으로 불가피하게 사업대상자 변경이나 인증기관을 달리한 인증서를 취득한 경우에도 변경사유가 발생한 날로부터 30일 이내 변경신청서와 인증서사본을 해당 읍·면·동에 제출하면 된다.

남원시에서는 23개 읍·면·동에 지침을 시달 하였고 친환경 인증농가가 신청기간내에 신청할 수 있도록 적극 홍보에 나섰다.