검찰은 농성자와 진압 경찰을 이틀동안 강도높게 조사한 끝에 화염병이 화재의 원인이라는 잠정결론을 내렸다.그동안 경찰이 화염병을 화재원인으로 일찌감치 지목해 온 반면 농성자들은 이를 강하게 부인해 왔다. 검찰은 양측의 주장이 엇갈려 한동안 수사에 어려움을 겪어왔지만 체포된 농성자에게서도 망루안에서 불이 붙은 화염병을 봤다는 진술을 확보함으로써 이같은 잠정결론에 이른 것으로 알려졌다. 그러나 검찰은 농성자가 경찰특공대를 위협하기 위해 고의로 화염병을 던졌는지, 아니면 몸싸움 과정에 실수로 떨어뜨렸는지에 대해서는 결론을 내리지 못했다. 또 검찰은 용산 철거현장에서 연행된 25명중 진압과정에서 경찰을 폭행하고 화염병을 던진 혐의로 6명에 대해 22일 새벽 구속영장을 청구했다. 검찰은 이들의 과격한 행동이 결국 참사로 이어지는데 직/간접적인 역할을 한 것으로 보고 있다. 구속영장이 청구된 농성자 중에는 전국철거민연합 소속 회원과 용산 세입자가 모두 포함돼 있다. 검찰은 나머지 연행자에 대해서도 폭력행위 가담 정도에 따라 형사처벌 수위를 결정할 방침이다.