정부는 벤처기업 스톡옵션 과세를 현행 근로소득세 납부 방식 외에 양도소득세 납부도 허용하는 방안을 추진하기로 했다.
 
정부는 5일 현오석 부총리 겸 기획재정부 장관 주재로 열린 경제관계장관회의에서 벤처기업의 우수인력 유치를 지원하기 위한 스톡옵션 과세제도 개선방안을 논의ㆍ의결했다. 
 
현행 세법은 스톡옵션 행사 시 높은 세율(최고세율 38%)의 근로소득세를 납부하도록 하고 있다. 이 때문에 벤처업계는 이익이 실현되지 않은 스톡옵션 행사에 세 부담이 과도하다는 지적을 꾸준히 제기해왔다.
 
이에 정부는 이를 완화하고자 지난해 8월 조세특례제한법을 개정해 3년 간 분할납부 하는 방안을 마련한 바 있다.
 
개선안은 현행 과세방식 외에 스톡옵션 행사 시 세금을 납부하지 않고 추후 주식 처분 시 양도소득세(10∼20%)를 납부하는 방식도 허용하기로 했다.
 
또한 벤처업계에서 주로 활용하는 신주발행형 스톡옵션도 다른 스톡옵션과 마찬가지로 행사 시 손금처리를 인정받을 수 있게 했다.
 
다만, 양도소득세 납부 방식은 △'벤처기업육성에 관한 특별조치법'에 따라 부여받는 스톡옵션 △스톡옵션 행사 시 부여받은 주식을 1년간 보유 △연간 행사가액 1억원 이하 등의 요건을 충족해야 한다.
 
양도소득세로 납부할 경우 스톡옵션을 부여한 기업에는 인건비 손금산입도 인정하지 않기로 했다.
 
아울러 양도소득세를 선택하는 경우에는 '스톡옵션 전용금융계좌'를 통해 거래하도록 해, 기업이 추후 상장되더라도 과세가 가능하도록 관리할 방침이다. 
 
정부는 근로소득세와 양도소득세 간 선택을 허용하는 조세특례제한법 개정안을 이달 중 국회에 제출하고, 증권금융협회 등 유관기관과 협의해 스톡옵션 전용금융계좌 시스템을 조기에 구축할 계획이다.