기획재정부는 국세예규심사위원회를 개최하여 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석일(’14.3.17) 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세하는 것으로 결정하였다.
 
당초, 기획재정부는 임상시험용역의 부가가치세 과세여부에 대한 국세청 질의에 대해 관련 법령규정을 법리적 관점에서 해석하여 과세대상에 해당되는 것으로 유권해석(’14.3.17)한 바 있다.
 
임상시험용역은 면세대상인 ‘환자에 대한 진료·치료용역’이라기 보다는 ‘의약품 안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험·측정방법에 따라 제약사에게 공급하는 시험용역’으로 영국 등 여러국가에서 과세하고 있는 점 등을 감안한 근거이다.
 
그러나, 이번 국세예규심사위원회에서는 그간 병원 등 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고하여왔고 과세관청에서도 정기조사나 신고에 대한 사후검증과정에서 한번도 과세가 이루어진 사례가 없는 등 납세자 신뢰보호라는 관점에서, 동 유권해석을 새로운 해석으로 보아 유권해석일(‘14.3.17) 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세하도록 결정한 것이다.
 
참고로, 앞으로 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대해 부가가치세를 과세하는 경우에도 의료기관 및 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니다.
 
과세시 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제받게 된다.